No próprio dia , o capitão decide quem chega a bordo da aeronave quando ela parte. Fim da história, ponto final.
O fato de não concordar com isso cai sob as disposições de interferência que você já mencionou - ou, mais elementarmente, é transgressão. A aplicação da lei local ajudará a impor as decisões, se necessário.
Depois , se alguém que não chegou a voar alega que tinha um contrato válido e aplicável da companhia aérea que os habilitava a voar, eles iriam disputar em tribunal por danos monetários. Como isso vai depender de muitos fatores que são melhor discutidos em Travel.SE ou Law.SE.
A companhia aérea pode perder em juízo, e se a tomada de decisões do capitão for suficientemente notória (digamos, "não haverá [racismo racista] a bordo do avião que estou voando"), ele pode em breve se encontrar fora do trabalho . Mas a polícia que aplicou a decisão do capitão no dia ainda estava no direito de fazê-lo. Não é tarefa deles tentar resolver disputas contratuais no local.