Para começar, é importante notar que o Clu interrogado pelo MCP / Sark no original NÃO é o mesmo programa visto no Tron Legacy. O Clu original era como você diz - um programa de "escoteiros" projetado para encontrar evidências dentro do sistema ENCOM de que Dillinger havia roubado as idéias de Flynn. Essa versão do CLU foi destruída.
Após os eventos do primeiro filme, Flynn projetou uma versão muito mais avançada do CLU para ajudá-lo a construir seu mundo "perfeito" dentro do sistema. Este CLU era um poderoso programa de IA que deveria ajudar a controlar & consertar o mundo de Tron enquanto Flynn estava fora. Infelizmente, o CLU evoluiu até o ponto em que suas diretrizes estavam abertas à sua própria interpretação. Sua motivação última, no entanto, ainda era cumprir sua programação - para "consertar" o mundo. É apenas que a sua Lista de Tarefas e Flynn eram muito diferentes por esse ponto.