Por solicitação, expandirei meu comentário para uma resposta:
Quanto às juntas no concreto, eu usaria areia polimérica (normalmente usada para pavimentação de travessas).
Em seguida, a chave é criar uma espécie de almofada lisa entre o concreto e o fundo da piscina. Algumas opções:
- feltro de telhado (papel de alcatrão).
- Membrana de cobertura de gelo e escudos
- forro da lagoa de borracha
- epóxi (se não for muito áspero, algumas camadas de selador de concreto epóxi podem suavizá-lo)