O congelamento de calor não é uma boa idéia para os itens vizinhos em seu freezer, mas não deve fazer muita diferença para a sopa (ela começará a esfriar mais rápido, mas mais devagar, já que o freezer estará mais quente do que deveria estar).
Congelar a sopa antes de misturar deve ajudar, então reaqueça antes de misturar. Se você está fazendo isso especificamente para congelar, você poderia adicionar um pouco menos de líquido em primeiro lugar e ligeiramente undercook-lo. Então você ajustaria a consistência quando você reaquecesse para servir.
Você também pode tentar omitir a abobrinha. Mesmo courgette cozido não congelar, assim como seus outros ingredientes. Ele tende a ficar aguado. Pode até ser melhor em geral (embora seja pura opinião).