Primeiramente, acho que você pode estar lendo um pouco mais sobre essa cena do que pretendia. A reação de Peytr não é realmente de surpresa ou negação, IMO. Ele pode estar pensando "Eu sei de uma coisa que você não sabe", mas ele também pode estar pensando "desculpe garoto, é uma droga ser você".
No que diz respeito aos livros, eu definitivamente não acontece, já que
Sansa has never been back to Winterfell.
Eu não me lembro de os dois terem conversado sobre Rhaegar e Lyanna a qualquer momento, então duvido que qualquer conversa tenha surgido. Muito do que Peytr diz a Sansa nessa cena é o diálogo emprestado de outras conversas sobre o Torneio em Harrenhall (por exemplo, os irmãos Reed dizem a Bran a mesma história no início de A Guerra dos Tronos ). Não sei se algum outro personagem insinuou no universo que
Lyanna went with Rhaegar willingly
mas eu acho que, pelo menos para o leitor, o subtexto é tão óbvio que nem é mais subtexto.