Não. Apenas as Classes contam como ranks, nenhum outro bônus se aplica para qualificação para pré-requisitos de "rank".
O bônus de +3 em si é um bônus que não é uma classificação de habilidade.
In addition, each class has a number of favored skills, called class skills. It is easier for your character to become more proficient in these skills, as they represent part of his professional training and constant practice. You gain a +3 bonus on all class skills that you put ranks into. If you have more than one class and both grant you a class skill bonus, these bonuses do not stack.
Note que ele diz +3 de bônus, não +3 graus de habilidade.
Então; Apenas as fileiras se contam, na verdade você nem recebe o bônus de +3 até ter uma classificação em si.
Veja também esta pergunta: O que são habilidades de classe