O Presidente da Federação é o comandante-chefe da Frota Estelar na era DS9
De DS9: Paradise Lost :
JARESH-INYO: Your story has a certain logic to it, gentlemen, but what it lacks is proof.
SISKO: You want proof? Order Admiral Leyton to withdraw his troops from the streets. See what he does.
JARESH-INYO: You think he would refuse a direct order from his Commander-in-Chief?
SISKO: If he orders his troops to stand down, then I'm wrong and I'll offer my resignation. But I don't think that's going to happen. With those troops in place, Admiral Leyton controls Earth. And he's not going to give up that control until he's convinced that he has ended the Dominion threat.
Esta parte definitivamente mostra que o Presidente da Federação tem autoridade sobre os almirantes e pode exercê-la (embora, devido à situação complicada do episódio, seja sugerido que Leyton decida desobedecer a ordem).
Em Star Trek VI: O País Não Descoberto , o C-in-C é o oficial de maior escalão em A Frota Estelar, que, segundo a Memória-Alfa (não encontrei nenhuma fonte canônica), recebe ordens apenas do Presidente e do Conselho da Federação. Isso pode sugerir que ambos os corpos podem exercer autoridade sobre a Frota Estelar, através do C-in-C.