É strongmente implícito quando Clark / Superman pode ouvir Alfred conversando com Bruce durante a festa de Lex Luthor (quando Bruce começa a bisbilhotar para que ele possa invadir o mainframe da LexCorp) que ele está percebendo que Bruce Wayne é Batman.
Também me atrevo a dizer que a conversa deles na mesma festa sugere que ambos estão ligados um ao outro sobre a identidade do outro (como evidenciado pela pergunta direta de Clark a Bruce sobre Batman, e Bruce zombando do amor do Planeta Diário pelo Super-Homem ).
Eu não acredito que haja alguma evidência explícita no filme, apenas sugestões. Dito isto, se tudo em um filme é explicitamente declarado, isso meio que tira um pouco da diversão da interpretação, certo?