Isto nunca foi declarado, mas foi strongmente, strongmente implícito pelo tempo as Crónicas de Sarah Connor foi cancelado que não há reprogramação acontecendo. A Resistência ainda não está pronta para acreditar que a Skynet tem seus próprios rebeldes.
2x19, Hoje é o dia, parte 2 foi, eu acho, nosso primeira pista direta. Aqui está um extrato do wikia Terminator na página para Catherine Weaver :
While underway back to the United States, a group of soldiers went to
a storage locker to examine the mysterious box that had been
recovered. Although Queeg claimed to have been instructed by John
Connor to do this, the crew did not trust him and so opened the box.
Discovering a liquid-metal T-1001, Goodnow raised her firearm and was
killed. In the process, the Terminator took her appearance and escaped
by slithering through an air vent.
Before Jesse Flores managed to leave the ship, which they are
abandoning after Queeg is killed for refusing to comply with the
crew's orders, the T-1001 delivers her message to Jesse, telling her
that it is for John Connor. It is simply The answer is "No". Then the
Terminator slithered away through the water. It is presumed that this
T-1001 went back in time, replacing Catherine Weaver to take her place
to create an AI that could be sympathetic to humans, giving them an
advantage against Skynet.
A pergunta feita ao Exterminador do Futuro foi feita pelo futuro John Connor: "Você se juntará a nós?".
A pergunta foi repetida novamente no final da série. Weaver mandou Ellison entregá-lo a Cameron, enfatizando muito, muito strongmente que tinha que dizer exatamente aquelas palavras nessa ordem, e que Cameron entenderia o que elas significavam.
E nota lateral, já que você não seguiu o SCC bem de perto - acredito que isso foi revelado aos espectadores, mas não aos personagens principais, no meio da segunda temporada:
Catherine Weaver was a liquid terminator who was building an AI named John Henry - an AI sympathetic to humans that would be capable of going one-on-one with Skynet.