A regra dos três meses aplica-se àqueles que estão entrando na zona Schengen. Portanto, isso não se aplica a você para esta viagem.
A regra dos três meses é imposta pelo Código das Fronteiras Schengen no artigo 6.º, n.º 1, alínea a), subalínea i), que faz parte do capítulo 1, Passagem das fronteiras externas e condições de entrada. (digo "três meses" em vez de " 90 dias "porque é o que o código diz: " ... a sua validade se estenderá pelo menos três meses após a data prevista de partida ... ").
Você não está cruzando uma borda externa, portanto não está entrando na zona Schengen e este artigo não se aplica a você. Portanto, você não deve ter problemas para embarcar no vôo.