Sim, não há problema. Você pode sair e reentrar durante o limite de 90 dias e, na verdade, se sair da América do Norte (EUA, Canadá, México) o período de 90 dias é reiniciado .
Você só precisa ter certeza de que o seu ESTA é válido por todo o período (geralmente são válidos por 2 anos) e você tem evidências de que seus planos de viagem e finanças estão em ordem.