Acho que as partes principais das regras do Synthesist são -
Spells such as banishment or dismissal work normally on the eidolon, but the synthesist is unaffected. Neither the synthesist nor his eidolon can be targeted separately, as they are fused into one creature.
Isso indica que, embora o Eidolon possa ser afetado por algumas magias específicas invocadas, nada mais pode segmentar o par separadamente. E o Controle de Criaturas Invocadas só funcionará no Eidolon, não no Invocador.
Como GM, eu diria que o feitiço faz muito pouco. Eu permitiria ao conjurador descartar o Eidolon, como o Sintetizador normalmente poderia, mas não haveria nenhum outro efeito, e o Sintetista poderia então resumi-lo como normal. Dispensar levaria uma Ação Padrão por parte do conjurador, o que significa que eles provavelmente não seriam capazes de fazê-lo na rodada em que lançaram o feitiço Controle.