Como afirma a Timatic, o banco de dados usado pelas companhias aéreas, mas também aplicável neste caso:
Cidadãos dos EUA fazem não precisa de um visto
Cidadãos filipinos precisa de um visto .
Apesar de irrelevante neste caso, para fins de imigração a sua estadia no Japão dura entre a chegada a Okinawa e a partida de Kagoshima. Você não sai do Japão quando sai para outro porto japonês.