Existe alguma inconsistência no destino das almas do mal em Dragon Ball?

Sim, há inconsistência.

Este é possivelmente um erro de tradução. Na versão em Inglês (Funimation) do show, está bem claro que Vegeta estará indo para o inferno junto com Freeza e Cell. No entanto, em outros pontos da mesma tradução, há referências semelhantes feitas sobre pessoas perdendo seu corpo quando morrem. Nada sobre a reciclagem da alma, mas isso explica os pequenos fantasmas que você vê por aí.

É explicado quando Goku chega pela primeira vez no Outro Mundo, no começo de Dragon Ball Z, que os Kai permitem que certas pessoas retenham seu corpo como recompensa para que possam treinar para sempre.

Não está claro por que exatamente Cell e Freeza e outros têm permissão para esse privilégio.

Há mais alguns detalhes no wiki do Dragon Ball.

Piccolo tells Vegeta that Goku kept his body when he died because he sacrificed himself to save the world from Cell, and devoted his life to fighting for good, and that Vegeta won't keep his body if he dies because he spent most of his life fighting for evil. However, true villains like Frieza, Cell, King Cold, Recoome, Burter, Jeice, Guldo, Dr. Gero, Appule, and Babidi did keep their bodies after death (the Ginyu Force can be explained because King Kai invited them over to show that Yamcha, Tien, and Chiaotzu could beat them, but the reason behind the others is unknown). Also, Piccolo, despite initially having an evil heart when he first died, was not only allowed to keep his body, but he also was allowed to go to King Kai's planet.

O preenchimento é o motivo da inconsistência. Cenas com Cell e Frieza in Hell não existiam no mangá e, usando isso como o cânone "real", Cell e Freeza deveriam ter sido transformados em uma nova existência também.

Mas quando Vegeta confrontou Goku sobre não lutar contra sua força total contra ele, Vegeta disse a ele que ele via SSJ3 de Other World. Como ele foi capaz de ver isso? Aquela grande bola de cristal que Cell, Freeza e os outros caras maus assistiram à luta de Buu contra Goku foi criada por Babbidi, suponho. Babbidi morreu assim que os meninos começaram a treinar para o Fusion. Mas Vegeta não teria sido capaz de ver isso sem um corpo, não é? Talvez até como um espírito "também conhecido como um pequeno fantasma branco" ele pudesse de alguma forma desde a onda de poder do velho Goku. Mas eu estou mais do que disposto a olhar para as falhas ou inconsistências muito pequenas em DBZ, porque é de longe o melhor desenho de ação já feito.

Eu também acho que é muito legal que Trunks tenha chamado Goku "Uncle" na versão japonesa quando o treinamento Fusion começou. Goten fez o mesmo com Vegeta logo antes de o príncipe se explodir. Meio louco se você pensar sobre isso. É uma coisa muito boa Goku e Krillin poupou-o ou DBZ não teria sido tão próximo!

Sim, é, mas, Akira Toriyama não escreveu Dragon Ball GT e também não existe mangá sobre Dragon Ball GT. Geralmente o anime não segue a história dos mangás, é por isso que algumas inconsistências são criadas