Normalmente, quando cozido, o frango vai guisado por mais de uma hora, então qualquer sabor da marinada será mais perdido. Se você usar uma marinada muito strong, como o vinagre balsâmico, poderá reter um pouquinho de sabor no frango. Mas lembre-se, o sabor vai, sem dúvida, infiltrar-se no resto do cozido.
Em geral, não há muito sentido em marinar carne cozida, simplesmente porque você pode dar todo o sabor que você quer ao molho ao redor, e amaciar é feito pelo longo processo de cozimento.