Não deve haver dano cosmético permanente, a menos que você tenha algo seriamente errado com o seu liner (caso em que o dano já está feito).
Substituir a água é muito raramente a solução para as algas. Na prática, você pode deixá-lo até a próxima temporada. Certamente, certifique-se de que ele esteja no inverno - ou seja, se você estiver em uma zona congelada, certifique-se de que todas as linhas, bombas e filtros estejam livres de água; e bombeie o nível da água de volta para baixo.
Se fosse eu, eu provavelmente também daria uma dose de "winterizing" de KemTek 60% algicida, e se você tem algum metal em sua água ou poça, também uma dose de prevenção de manchas no inverno.
Mas não há nada que você possa fazer para ter água limpa quando a abrir na primavera: ela terá que ser iniciada, aspirada, balanceada, etc.