Os autóctones parecem ser alienígenas, embora isso suscite a questão de por que eles são chamados de "autóctones", já que essa palavra significa "habitantes indígenas". Se você aceita que
O Livro do Novo Sol acontece na Terra (e há muitas evidências disso), a conclusão mais lógica é que os autóctones foram encontrados pela primeira vez em outro mundo mundo, onde eles eram verdadeiramente autóctones), e os alienígenas são mais tarde trazidos de volta à Terra, com o significado de seu nome ser esquecido nesse meio tempo.
Existem outras possibilidades, suponho. Talvez a história não ocorra na Terra depois de tudo. O cenário (e, na verdade, qualquer discrepância na narrativa) sempre pode ser explicado como Severian simplesmente não entendendo o que está acontecendo ao seu redor.