Alinhamento indetectável apenas protege contra adivinhações e armas alinhadas não são adivinhações.
O texto do alinhamento indetectável declara que protege contra:
all forms of divination
Não há mais texto na descrição sobre proteção contra outros efeitos alinhados. O texto de, por exemplo, uma arma sagrada diz:
It deals an extra 2d6 points of damage against all creatures of evil alignment.
A arma alinhada não está fazendo nenhum tipo de adivinhação contra o alvo, apenas machuca mais se o alvo tiver o alinhamento correto. Da mesma forma, um personagem maligno levaria um nível negativo de escolher um, enquanto sob os efeitos do feitiço.