Poderia ser Pires por Stephen Coonts? A entrada de direitos autorais em uma das páginas de título menciona 2002, então como isso se encaixa quando você lê seu livro?
Da contracapa da versão em brochura (bem, a versão do Reino Unido que li algumas vezes):
When Rip Cantrell, a seismic surveyor in the Sahara spots a glint of reflected light in the distance he is intrigued. A piece of metal is apparently entombed in the sandstone and Rip uncovers a vessel that has been resting there for 140,000 years.
Agora, isso pode não parecer muito com o seu livro, mas o Rip C. entra, controla-o por meio de uma faixa de cabeça e é abastecido pela água.
Não me lembro de nada sobre encolher a nave para um tamanho pequeno para esconder sua presença, mas ela usa o poder da gravidade sob a nave para matar os "bandidos". Ele está escondido em uma fazenda em algum momento, e um cara australiano rico está tentando comprar ou adquirir o navio. Finalmente, até onde eu sei, esse livro em particular não era uma trilogia.