Há um episódio, Viajantes (S5 E15), que explica de onde veio o termo, e isso vem antes do tempo de Mulder. Foi porque a gaveta de arquivos "U" estava muito cheia, para casos "não resolvidos", mas a gaveta de arquivos "X" estava praticamente vazia.
A partir de então, os casos misteriosos foram colocados no arquivo X.
Aqui está a transcrição da cena de flashback de 1990, em que o nome foi explicado pelo seu criador:
BAHNSEN: I already checked. They're missing but I recognize one of these names. It's in an X-file.
DALES: An "X-file"?
BAHNSEN: Yes, unsolved cases. I file them under "x." (Goes to file cabinet..)
DALES: Why don't you file them under "u" for "unsolved"?
BAHNSEN: That's what I did until I ran out of room. Plenty of room in the "X"s.