Quase certamente você deve desligar o AC no andar de cima completamente. Idealmente, você também fecharia o segundo andar tanto quanto fecharia uma porta na parte superior ou inferior das escadas (ou instalaria uma cortina ou algo do tipo).
As únicas razões pelas quais posso pensar em deixá-lo em diante seria:
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Se você tiver alguma obra de arte valiosa ou mobília de madeira antiga / frágil no andar de cima. O excesso de calor e umidade poderia ser um problema, especialmente se as temperaturas ficarem muito altas.
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Se você não tiver uma boa separação térmica entre o andar de cima e o de baixo, é possível que ao deixar o andar de cima não condicionado, você crie áreas quentes desconfortáveis no andar de baixo. Por exemplo. se você tiver um lance de escadas entre os andares, a parte inferior das escadas pode ficar quente.
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Se você tem unidades de AC separadas para o andar de cima e o de baixo e o de baixo é muito ineficiente, você estará fazendo mais trabalho.