Sim, quase certamente.
No segmento "Call the Producers" no final do episódio 3, o produtor explicitamente observa que a Sra. Frizzle não pode ficar doente porque ...
...she's magic
ponto em que vemos um brilho inexplicável saindo de sua imagem na tela.
Como mágica (magia real) é evidentemente uma parte do verso do Magic Schoolbus, eu acho mais plausível supor que o ônibus (e seu driver) são capazes de funcionar através do uso de magia em vez de exigir a necessidade de mais explicações científicas para as habilidades que eles apresentam.