Os Acordos não cobrem apenas super-heróis, eles também cobrem os Vingadores.
Quando Thaddeus Ross apresenta os Acordos em Guerra Civil , ele diz (ênfase minha):
For the past 4 years, you operated with unlimited power and no supervision. That's an arrangement the governments of the world can no longer tolerate. But I think we have a solution.
The Sokovia accords.
Approved by 117 countries. It states that the Avengers shall no longer be a private organization. Instead, they'll operate under the supervision of a United Nations Panel, only when and if that Panel deems it necessary.
Portanto, independentemente de terem habilidades extra-humanas, sua afiliação com os Vingadores significa que eles ainda estão vinculados a seus termos.
Antigos agentes da SHIELD como May ou Coulson nunca (publicamente, pelo menos) tiveram o mesmo grau de associação com os super-heróis, então eles provavelmente não são contabilizados no rascunho original dos Acordos. Na época da Guerra Civil, a história oficial era que a SHIELD havia sido desmantelada e Coulson estava morto. Mostrando a assinatura seria um pouco de sorteio.