Eu também notei isso, na minha primeira observação do filme, mas dado que não era um filme tão profundo, eu decidi que é uma inconsistência de plot-inconsistency e nada mais.
O vírus é transferido por mordida, arranhão ... isto é, por sangue. Vimos que estava no ar no início da pandemia, no Hive, mas só então, porque estava em forma concentrada. Nós nunca vimos nenhuma prova de que "a terra [...] foi infectada".
Mesmo que tentemos justificar isso pela teoria do "solo infectado", acho que introduzimos inconsistências ainda maiores:
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Como isso aconteceu? Certamente, os zumbis não morderam a sujeira (pelo menos não muito), e mesmo que isso acontecesse, um pouco de saliva infectando todo o solo da cidade é ... idiota. Não houve menção de a Umbrella fazer nada parecido, não havia nenhuma razão óbvia para isso, e nenhum desses sintomas foi mostrado nunca mais.
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O solo está cheio de coisas mortas (vermes, toupeiras, insetos, animais de estimação enterrados, ...). Se o solo estivesse de fato infectado de alguma maneira estranha, estaríamos vendo uma enxurrada de insetos e animais mortos o tempo todo. Quantos cachorros teríamos? E não vamos esquecer gatos, cobras e outros animais de estimação que devem ter sido enterrados nos pátios da cidade.
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Alguns desses cadáveres eram apenas esqueletos. Como você infecta o sangue de algo que não tem sangue? Como um esqueleto sem músculo se move? Eu não aceitaria uma teoria de que a Corporação Umbrella estivesse experimentando reviver esqueletos aleatórios em algum cemitério.
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Por que eles surgiram exatamente então, e como eles fizeram tudo exatamente no mesmo momento?
Foi só para fazer outra cena de suspense / luta, nada mais. A maioria dos Resident Evils são divertidos filmes de ação, mas eu não lia muito para eles.