Aeronaves militares, como as aeronaves civis, têm transponders. As aeronaves militares recebem códigos militares e seus transponders têm modos militares especiais.
Uma aeronave não precisa de um transponder para ser "iluminado" pelo radar, mas o transponder aprimora o "blip" e os transponders modernos transmitem informações adicionais sobre a aeronave, como a altitude (Modo C).
Veja os "Modos de Interrogação" dos transponders neste link .
Observe que os modos militares incluem a versão "criptograficamente segura" do modo S e posicionamento GPS ADS-B.