Não, eu não aplicaria o water proofer na sub-base debaixo da base do chuveiro (a menos que a impermeabilização de todo o piso seja mais fácil, basta continuar debaixo do chuveiro).
Acho que o Evil Greebo traz um bom ponto, porque este é um banho de vapor que eu estaria ainda mais preocupado com o desenvolvimento de mofo neste ambiente úmido. IMHO, se você for colocar o piso no chão, eu colocaria uma membrana à prova de água sob o piso inteiro e não me preocuparia em usar madeira tratada com pressão para a sub-base. Se você usar o DITRA e cobrir o que parece ser impermeável, não deve haver umidade na sub-base.
É claro que o (relativamente) pequeno aumento no preço do compensado tratado pode valer a paz de espírito (será um backup se a água passar pela prova de água do piso.