Sim, você precisará coletar sua bagagem no seu primeiro aeroporto dos EUA e passar pela alfândega com eles. Você vai então checá-los novamente (normalmente há uma fila de bagagens na alfândega), então eles vão para o seu destino sem que você precise de mais envolvimento com eles.
Não importa com quem você está voando, se você voar para os EUA a partir de um destino internacional e continuar em um voo doméstico, você sempre terá que pegar suas malas em seu primeiro aeroporto nos EUA e levá-las através da alfândega com você.
Para quase todos os internacionais - > EUA - > Vôos internacionais, ou seja, aqueles em que você está mudando entre voos internacionais em um aeroporto dos EUA, você também terá que recolher suas malas, liberar alfândega e imigração e fazer uma nova verificação. Exceto por alguns casos obscuros, os aeroportos dos EUA não oferecem trânsito aéreo, e você precisará "entrar" nos EUA antes de embarcar no próximo avião.