Lembre-se sempre de que a Matriz é apenas uma visualização - não é real. Quando Smith tortura Morfeu, vemos Morpheus suar, mas ele não suar a bordo de seu navio. É apenas uma visualização dele lutando contra o ataque.
Então, quando dizem "códigos", isso não significa necessariamente um código PIN. Pode significar uma ideia ou uma imagem que Morpheus tem que pensar em seu cérebro real, que o "mainframe" (que provavelmente não se parece com nada que reconheçamos) aceita. Pode ser um elefante azul. Nesse cenário, Smith diz a Morpheus "pense em um elefante azul" para que suas sondas possam copiar o "código" e Morpheus tente evitar exatamente isso.
Talvez os agentes tentem copiar memórias importantes de Morpheus que o mainframe reconhecerá. Isso poderia ser um par de frases que eles disseram um ao outro ou algum evento que eles compartilharam.
Dito isto, a "realidade" em que Sião "existe" pode ser apenas outro nível da Matriz . Eu não sei se Morpheus está ciente disso (na teoria, Neo é apenas quando o Arquiteto diz a ele). Nesse cenário, os códigos de acesso são puramente virtuais, assim como Zion, a nave, a fazenda em que Neo acorda, a superfície devastada da Terra, tudo - os atores nunca acordam de verdade.
Se você pensar a partir deste ângulo, então toda a informação que temos é muito instável: Se um corpo nunca pode ser removido da Matriz real, então os conectores podem parecer completamente diferentes. Talvez Neo e os outros sejam apenas cérebros flutuando em frascos.
A questão mais interessante aqui é provavelmente: se Morpheus nunca deixou a Matrix, por que as máquinas precisam se preocupar em obter os códigos dele?
Se isso for verdade, os "códigos" são apenas uma brincadeira para manter os humanos em Sião ocupados.