O mel contém muitos compostos aromáticos, que são moléculas grandes e frágeis. Esta é uma das razões pelas quais o mel centrifugado a frio custa mais. Quando você descriptografa o mel aquecendo-o, muitas dessas moléculas aromáticas se quebram e você perde a complexidade dos aromas. Então sim, é ruim para o mel. Além disso, pode reduzir seus benefícios para a saúde, pois as vitaminas e outros micronutrientes tendem a degradar-se sob o calor (mas apenas alguns deles - outros, como os minerais vestigiais, não se impressionam com a temperatura).
Naturalmente, a questão não é apenas se é ruim, mas se é pior do que comer mel cristalizado. Isso depende de 1. A qualidade do mel e 2. o modo como você planeja usar o mel. Com a qualidade do mel, é óbvio que, se o mel já foi aquecido no processo de produção, o material volátil já foi destruído, portanto o aquecimento subseqüente para a descriptografia não é um problema. Mas se você gastar dinheiro com mel frio e centrifugado, estará negando seus benefícios aquecendo-o.
Sobre o uso: Se você vai aquecê-lo de qualquer maneira (como em colocá-lo no chá, ou assá-lo em uma massa), não há razão para não descriptografar primeiro. Além disso, se você estiver usando apenas como adoçante, mesmo frio, não há problema em aquecê-lo. Mas se você estiver usando-o como um agente aromático, como em um creme fraîche e molho de mel para uma salada de frutas, ou usando-o como um pão espalhado, então ele terá um sabor melhor se nunca aquecido. Ele ainda terá um sabor geral de mel e aroma, mas as notas sutis estarão faltando. Se isso o incomoda ou não, depende se você classifica o aroma ou a textura como superior. Minha escolha pessoal é não aquecer mel nesses casos, mas sua preferência pode ser diferente. Provavelmente, a melhor maneira de decidir é pegar uma pequena quantidade de mel de boa qualidade, cristalizá-la e compará-la lado a lado com a versão cristalizada. Então use qualquer versão que você goste melhor.
Se acontecer de você gostar mais da descriptografada, é provavelmente uma boa idéia não gastar dinheiro com méis sofisticados no futuro ("mel de lavanda centrifugada a frio do sul da França" etc.), pois tudo o que é diferente de um mel comum de flores silvestres após a descriptografia.