Isso não deve ser um problema. Convencionalmente, os nomes japoneses são escritos com o sobrenome primeiro. Eles estão aplicando a mesma convenção ao seu nome.
Recentemente, comprei um JR Pass e o voucher veio pelo correio. Eu sou um americano com um primeiro nome, meio e sobrenome. Suponha que meu nome é Samuel Nathan Clemens, que aparece no meu passaporte como:
SAMUEL NATHAN CLEMENS
No comprovante JR Pass enviado pelo correio, ele diz:
Mr CLEMENS SAMUEL NATHAN
Isso é um problema?
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Com relação aos comentários de Phoog, finalmente dei outra olhada no meu passaporte e eis que o sobrenome também foi o primeiro no passaporte. Mas uma coisa interessante foi que eles evitaram toda a discussão colocando apenas o sobrenome em um campo e o nome do primeiro e do meio em outro.
Isso não deve ser um problema. Convencionalmente, os nomes japoneses são escritos com o sobrenome primeiro. Eles estão aplicando a mesma convenção ao seu nome.