Tecnicamente como @Crazydre mencionou, você não precisa do visto de trânsito para o Japão. No entanto, desde que você tenha ingressos separados, pelo menos da minha experiência, você teria que fazer alguns convincentes para a companhia aérea para verificar você sem o visto.
A razão para isso é que a companhia aérea que leva você para o Japão não tem controle ou responsabilidades sobre seu segundo voo. Pode ser possível, por exemplo, que a segunda companhia aérea cancele seu segundo vôo depois que você fizer o check in no primeiro (devido ao clima, por exemplo). Em Narita - ao contrário da AMS e de muitos outros aeroportos - para chegar à área de trânsito do aeroporto, você precisa ter o cartão de embarque, que é escaneado antes de permitir que você passe. Eles não deixarão você entrar se seu voo tiver sido cancelado e, nesse caso, você estará preso na área de portões de chegada.