Não, esse tipo de aplicativo (AirNav, VFRNAV etc.) não deve substituir os gráficos em papel. Você encontrará frases como essa na maioria dos sites que oferecem esses aplicativos e você encontrará parágrafos como este:
Please note that this software is not intended to replace a certified navigation device. You should always use official aeronautical documentation when preparing and performing a flight. You should always use certified navigation devices when performing a flight. [Source: https://itunes.apple.com/us/app/air-navigation-pro/id301046057?mt=8 ]
Existe um software certificado como, por exemplo, o Jeppesen Mobile TC disponível.