Resposta simples para mim até agora: Ele não sabia (que a Terra foi libertada).
Em algum ponto entre o filme e a série, Apophis obviamente aprende da derrota de Ra. Dado o baixo nível tecnológico dos abydonianos, é improvável que isso seja o resultado de uma revolta, e mesmo assim ele provavelmente tem arrogância suficiente para ignorar esse potencial.
Eu sempre tive a impressão de que nenhum dos senhores do sistema consideravam que Abydos valesse a presença permanente. IIRC Ra retorna a Abidos para reunir apenas minério coletado. Mas por que ele retornou pessoalmente com um navio em vez de usar o stargate? É possível que este tenha sido um dos seus últimos mundos ou algo assim? Então poderia ter sido "aquele pedacinho de minério ou nada" para ele?
De qualquer maneira, já que Apófis está procurando por uma nova rainha (host), ele obviamente está tentando roubar também todos os ex-mundos de Ra para candidatos em potencial. Por alguma razão, eles visitam a Terra antes de Abydos, mas não esperavam que fosse uma "colônia caída" (eu diria que ele teria sido muito mais cauteloso na época). Ra nunca teria permitido que qualquer outro senhor do sistema soubesse que ele perdeu a Terra (também?), Considerando que isso seria um claro sinal de fraqueza.
Mas mesmo que ele saiba, eles poderiam ter tentado por curiosidade: É mostrado várias vezes, que nada de ruim acontece, se você tentar discar para um portal estelar quebrado ou de alguma forma desmontado. O processo será cancelado, semelhante a um telefone em uso.
Então tente todos os mundos potenciais, um após o outro, se a conexão funcionar, procure por candidatos e escolha o próximo.