Duas coisas.
Quem foi morto?
A escória Vader morta em Mustafar não era apenas a Federação de Comércio - eles eram os líderes militares e econômicos da Confederação de Sistemas Independentes, os separatistas. Isso incluiu os líderes da Federação do Comércio, mas também membros da Aliança Corporativa, da Corporação do Comércio, do Clã Bancário, bem como senadores de vários planetas e espécies.O grupo como um todo era o Conselho Separatista; havia também um Senado / Parlamento Separatista, para questões legislativas. Eles não estavam presentes em Mustafar.
Por que eles foram mortos?
Eles sabiam sobre ele. Eles sabiam de suas maquinações, sabiam que ele era um Sith, sabiam que ele estava por trás das Guerras Clônicas o tempo todo.
Weren't they making money for him
Ele não se importava com o dinheiro. O dinheiro era uma preocupação deles, não dele - para Sidious, o dinheiro nunca era mais do que uma ferramenta que ele poderia usar para ganhar mais poder. Quando ele tinha todo o poder, ele não precisava mais do Seps.
and also fighting his enemies?
Não, eles estavam lutando contra a República . Os inimigos de Sidious eram os Jedi; Com o desaparecimento dos Jedi, as Guerras Clônicas haviam servido ao seu propósito e não eram mais necessárias. Neste ponto, os separatistas poderiam ser fechados e dobrados de volta para a República que se tornou o Império. Isso seria mais fácil, é claro, se a liderança Separatista estivesse morta.