Assim como você disse na sua pergunta:
When a creature other than you comes within 5 feet of a Sphere, the Sphere discharges lightning at that creature and disappears.
Assim que a bola afeta uma criatura, ela desaparece. Então, não importa realmente se isso afetaria uma criatura várias vezes se você a movesse de um lado para o outro, porque a primeira vez que isso afeta uma criatura é a última vez que ela afetará qualquer coisa.