Se for menos de uma polegada, a calafetação vai preenchê-lo bem antes de cobrir com aparar.
Use um calafetar que tenha características flexíveis altas como um calafetado à base de poliuretano, na verdade o látex com silicone também funcionaria.
Não precisa ser muito cuidadoso, o acabamento cobrirá o calafetar.