A resposta mais fácil: o enredo ditou.
Uma resposta mais difícil: pode-se supor que no universo conhecido da BSG existe um número finito de mundos humanos habitáveis. Dadas as capacidades de sua FTL (mais rápida que a luz) e dadas as décadas ou até mesmo séculos em uso, pode-se presumir que as Colônias estavam familiarizadas com todos os mundos habitáveis dentro de uma distância razoável (por viagens espaciais) mundos principais. Claramente, o Kobol era um desses mundos, como foi mostrado que os humanos tinham estado no planeta algum tempo no passado.
Embora não seja mostrado, Starbuck poderia facilmente ter viajado para mais de um desses mundos habitáveis, não encontrado a frota e então a FTL "saltou" para a próxima até encontrar a frota. Ou ela poderia simplesmente limitar suas decisões de salto aos mundos onde era mais provável que a frota estivesse, com Kobol sendo um dos mais prováveis. A série não relaciona as ações de Starbuck depois que ela deixou Caprica; isso simplesmente mostra a localização da frota depois dela.