As Snape is a good guy, it's safe to assume that he didn't see Quirrell doing a magic on Harry. Or, he would report that to Dumbledore.
Por que é seguro assumir isso? Nós sabemos das memórias de Snape em Relíquias da Morte que Dumbledore pediu que ele ficasse de olho em Quirrell:
Dumbledore turned a page, and said, without looking up, “Keep an eye on Quirrell, won’t you?”
Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 33 - The Prince's Tale
Ao contrário do resto dos professores, Snape tem uma razão para suspeitar que Quirrell tentará prejudicar Harry. Ele também estaria em uma posição perfeita para notar qualquer magia negra que Quirrell tentou, porque ele está de olho nele. Aqueles, combinados com a vassoura de Harry se comportando de maneira estranha durante o jogo de Quadribol, são mais do que suficientes para Snape suspeitar de magia negra em vez de uma explicação menos maliciosa.
Ele quase certamente começará a usar o contracursor imediatamente, para salvar Harry, em vez de perder tempo chamando a atenção de Dumbledore naquele segundo. Eu ficaria extremamente surpreso se Dumbledore não estivesse ciente disso depois.