Você pode adicionar sua proficiência ao CA dos navios
Se você estiver usando a regra opcional de Guia de Xanathar para tudo, você poderá somar seu bônus de proficiência à CA do navio se tiver proficiência em veículos aquáticos.
Como um navio é composto por vários componentes e todos os tipos de navios não têm um único valor CA para todo o navio, você pode adicionar seu bônus de proficiência a suas partes.
Se houvesse valores de CA separados para os componentes e para toda a embarcação, eu argumentaria que você adiciona o valor apenas uma vez - à CA da embarcação inteira - mas esse não é o caso.
Através da referência cruzada das informações fornecidas em veículos aquáticos pela Manual do Jogador e Fantasmas de sapal, podemos confirmar que a regra em Guia de Xanathar para tudo deve afetar os navios publicados na aventura.
Na página 157 de Manual do Jogador, você encontrará a tabela para veículos aquáticos. Cita que os veículos são: Cozinha, Keelboat, Longship, Rowboal, Veleiro, Navio de Guerra. Todos esses veículos possuem blocos estatísticos no Apêndice A do Fantasmas de sapal (começando na página 186).