Eu não encontrei nada explícito, mas em Quadrinhos de ação Questões 848 e 849 Clark luta um pouco com a fé e nela temos algumas dicas sobre seu início de vida em Smallville. Na edição 848, recebemos alguns flashbacks de Clark quando criança e em alguns deles o vemos indo à igreja.

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Na edição 849, ele passa por Smallville e conversa com sua mãe e pai sobre quando ele parou de ir aos serviços e menciona que ele era o 14 na época.


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Por fim, para "confirmar" qual religião o Clark realmente é / foi uma entrevista com Elliot S! Maggin, um escritor de longa data para os quadrinhos da DC e do Superman. Em uma entrevista, ele menciona que Superman é um metodista.
BB: Do you see Superman as a man who prays and\or worships God regularly? If so, what would the Man of Steel pray about from your perspective?
ES!M: I give all my characters religions. I think I always have. It's part of the backstory. It's part of the process of getting to know a character well enough to write about him or her. Jimmy Olson is Lutheran. Lois is Catholic. Perry is Baptist. Luthor is Jewish (though non-observant, thank heaven). Bruce and Batman are both Episcopalian and I said so in the text though it was edited out erroneously. Clark – like the Kents – is Methodist. Superman is something else, but I never did buy all that Kryptonian "Great Rao" nonsense. I do think Superman essentially adheres to a kind of interplanetary-oriented Kryptonian-based belief system centered on monotheistic philosophy, and I've got some ideas about it that I haven't yet articulated other than as backstory. I think Superman is too humble to ask for things in prayer, but I think he prays by rote, and constantly, the way some of us talk to ourselves in the shower.
Fanzing, Interview: Elliot S! Maggin
Acho que, ao juntar tudo isso, podemos assumir que Clark provavelmente foi à escola dominical, mas não podemos dizer isso com 100% sem nenhuma evidência explícita sobre o assunto.