IIRC: O capitão Picard suspeitou que a nave alienígena não era exatamente o que parecia quando notou várias inconsistências:
1.) Dada sua tremenda capacidade de ser imune às armas da Empresa e ainda ser capaz de desativar todas as armas da Empresa com uma única explosão; o navio poderia ter destruído facilmente a empresa. Quando a Enterprise escapou pela primeira vez (milagrosamente, aliás, como nenhuma equipe foi prejudicada, nem nenhum sistema seriamente danificado)
Isso ajudou Picard a estabelecer que o objetivo da nave Husnock que a Enterprise encontrou era afugentá-los, em vez de destruí-los.
2.) Kevin Uxbridge, ele mesmo, disse à Enterprise que os Husnock eram a raça responsável por destruir toda a população do planeta.
Isso parece estar em desacordo com os objetivos do navio que o Enterpise acabou de encontrar. Essa discrepância foi ainda mais consolidada quando, no encontro final, Picard declarou que eles não iriam a lugar algum com os cidadãos da Federação ainda no planeta. Então a nave alienígena imediatamente destruiu a vila. Exatamente o que seria necessário para a empresa deixá-los em paz.
3.) Kevin Uxbridge parecia ser o mais vocal sobre ter a Enterprise apenas "deixá-los em paz". Várias vezes no episódio, Kevin fez declarações e alegações que estariam aparentemente em desacordo com o que seria um movimento lógico para garantir a sobrevivência dos casais (Kevin e Rishon). Ou seja, saia com a empresa, etc.
Isso sugeriu ao Capitão Picard que o navio Husnock estava: em contato e trabalhando com os Uxbridges, ou que ele estava controlando-o. Não acredito que tenha sido efetivamente estabelecido até o capitão Picard transmitir o par a bordo.
Quanto ao resto da pergunta; Acredito que Kevin confessou a Picard sobre suas origens em Douwd.
NOTA: Já faz alguns anos desde que eu assisti esse episódio. Então, se Picard realmente acusou Kevin de ser um alienígena (não o mesmo que "aliado aos" alienígenas), eu apreciaria saber quando isso aconteceu antes que Kevin realmente se revelasse.