Baseado no conteúdo da trama dos dois episódios em questão, acho óbvio que The Witch is Missy e o Familiar / Apprentice são Clara. Como @ randal'thor aponta nos comentários, há duas interpretações prováveis para quem é o Mago: O Doutor ou Missy (novamente)
O médico é o mágico
Esta é a interpretação óbvia, e a que assumi apenas lendo o título. O Doutor já foi referido como mágico / mago (por exemplo, "The Pandorica Opens"), e Clara definitivamente se qualificaria como seu Aprendiz. Além do que, além do mais,
Clara spends a large part of the first episode trying to think like The Doctor so he can find him, and The Doctor's actions show he has a strong relationship with Clara.
A única falha que encontro com essa linha de raciocínio é que
The Doctor doesn't treat Clara as an apprentice in that episode; they barely interact at all. If anything, he's far more concerned about her in "The Witch's Familiar".
Missy é o mágico
Por outro lado, você pode considerar Missy representando os dois papéis. Por exemplo, em "O Aprendiz do Mágico":
Missy actually guides Clara into finding the Doctor, and brings her along when they accompany The Doctor to his "death". Occasionally she tells Clara mildly-useful things but mostly Clara is just pulled along for the ride.
Ela age mais como mentora de Clara naquele episódio do que The Doctor, e também faz algo vagamente "mágico", mesmo para um Lorde do Tempo:
She returns from the dead without regenerating, and without explanation.
A principal falha aqui é que não parece fazer sentido identificar Missy como um mágico em um lugar e uma bruxa em outro - a simetria entre as duas palavras parece intencional. Por outro lado, Missy
acts very differently in the two episodes, both towards Clara and in general
então talvez a mudança na terminologia tenha a intenção de refletir isso.
Bruxa e Familiar
Eu acho que está bem claro que Missy é a bruxa e Clara é o familiar.
Missy forces Clara into a Dalek shell and has Clara follow her around Skaro pretending to be a Dalek, then abandons her when Missy doesn't need her anymore.
Ambas as coisas combinam com a maneira como um usuário de mágica é tradicionalmente visto tratando seus familiares (como ferramentas).