As Pedras Infinitas não foram destruídas, apenas reduzidas a seus átomos, e assim tudo continua como antes dos eventos de Vingadores: Fim do jogo, nada mudou.
Natasha: Where are the stones?
Thanos: Gone. Reduced to atoms.
Bruce: You used them two days ago!
Thanos: I used the stones to destroy the stones. It nearly... killed me. But the work is done. it always will be. I am inevitable.
Avengers: Endgame
Se considerarmos a segunda coisa que Thanos diz como literal, enquanto eu não acho que é, e os Stones são destruídos, a seguir é minha especulação.
Não sabemos, na verdade, pode até não ser diferente. Tudo o que sabemos é que o Ancião nos diz que as Pedras Infinitas controlam o fluxo do tempo e a remoção de uma gera uma realidade alternativa. Isso nos leva a três possíveis teorias sobre o que pode acontecer após Vingadores: Ultimato:
O tempo não é regulamentado: o tempo agora não é regulamentado e, portanto, qualquer número de realidades alternativas pode ser criado usando a viagem no tempo e alterando as coisas.
O tempo é estritamente definido na linha do tempo "principal": não restam Pedras do Infinito e, portanto, você não pode criar uma realidade alternativa.
Existem realidades 7: a realidade principal mais seis realidades onde cada Pedra Infinita foi removida (destruída).
Eu sou da opinião de que provavelmente é o número 2, pois os Infinity Stones foram destruídos no início do filme e, por isso, vimos o que aparentemente é apenas uma realidade sem outras criadas. No entanto, está tudo no ar até que a Marvel decida o que eles farão após o Endgame e, de fato, poderá ter um papel em GotG3.