Acho que foi uma coincidência infeliz. O Progenitor foi feito para parecer simples e malformado, de modo que todos os descendentes de humanóides multicoloridos, de cabeça esburacada, pudessem plausivelmente ter sido especializações da forma original. No DS9 houve uma guerra total contra os Fundadores. Não faz sentido que esses progenitores entrem em guerra com os mesmos seres que criaram milhares ou até milhões de anos atrás. Por um lado, a guerra seria muito unilateral, com os Progenitores matando todos nós com uma arma inimaginável antes mesmo de percebermos que havia uma guerra.
Além disso, temos visto outros changelings que parecem não estar relacionados aos changelings de ST: DS9. O que devemos fazer deles? Em Star Trek VI: O País Não Descoberto , vemos um changeling presumivelmente a serviço daqueles que queriam ver a Federação e os Klingons em uma guerra final. No episódio "The Dauphin", da TNG, vemos mais changelings, mas aparentemente tão subdesenvolvidos tecnicamente que precisam se divertir em uma nave da Federação.
Parece mais provável para mim que a adaptação changeling foi tropeçada de novo e de novo por alienígenas diferentes como um traço de sobrevivência, assim como vemos várias formas de mimetismo usadas para sobreviver pela vida baseada na Terra.