Exceto nos locais em que você precisa fazer a declaração alfandegária em um ponto intermediário da sua jornada (como quando sua perna final é intra-EUA ou intra-Japão) e impedindo o tempo de conexão além das horas 24, sua bagagem será despachada destino final com quase certeza absoluta.
No seu caso, ter que verificar novamente sua bagagem em um itinerário entre Reino Unido e MUC-Turquia seria extremamente irritante, pois as balcões de check-in e a recuperação de bagagens estão fora do controle do passaporte; no entanto, como você está transferindo não-Schengen para não-Schengen, não faz sentido entrar na área de Schengen por algo tão pequeno. Isso atrapalharia bastante as operações e tornaria a conexão muito mais difícil para quem precisa de visto para entrar em Schengen. Portanto, a Lufthansa e o aeroporto de Munique garantem que esse tipo de viagem possa ser realizado sem necessidade de verificação.
O terminal dois do aeroporto de Munique é basicamente um concurso longo com dois níveis: um nível Schengen inferior e um nível não Schengen superior, com verificações de imigração nos pontos em que você pode alterar os níveis. Vindo de outro país da UE, você não precisa passar por nenhuma segurança adicional; portanto, você acaba sendo abandonado nesse longo concurso e pode navegar imediatamente até o portão de embarque. (O terminal de satélite atua como pouco mais que uma extensão daquele longo concurso conectado ao restante no meio, ainda separando Schengen e não Schengen.)
Se algum dos seus voos chegar ou sair do terminal 1 (acho que vi o Sun Express partir de lá pelo menos uma vez), isso ainda não muda a imagem geral, pois há um ônibus de conexão lateral que conecta os portões que não são Schengen T1 e o concurso não Schengen de T2.