As criaturas com níveis de classe adicionam seus dados de acerto de classe aos seus cálculos especiais de habilidade?

Depende da habilidade.

O SR do Dragão é especificamente escalado no CR, portanto, se efetivamente ganhasse +6 se o seu CR fosse +6.

A Arma de Respiração :

allow a Reflex save for half damage (DC 10 + 1/2 breathing creature’s racial HD + breathing creature’s Con modifier; the exact DC is given in the creature’s descriptive text)

Como só depende de HD "racial" (nem todo HD), o DC não muda com a aquisição de níveis em uma classe.

Você também pode pegar o exemplo das habilidades mágicas de um dragão:

Spell-Like Abilities: A dragon’s caster level for its spell-like abilities is equal to its total Hit Dice.

Diferente, novamente: obter 12 níveis de NPC faz com que ele ganhe 12 níveis de conjurador

As regras por tipo de habilidade podem ser encontradas no Apêndice 3 do Pathfinder Bestiary (pp. 297-306). A maioria dos CDs salvos funciona como o exemplo da arma de sopro que Anne deu, ou seja, eles são baseados em HD racial e não aumentam com os níveis de classe. Algumas exceções:

Para ataques de distração, atropelamento, teia e redemoinho, os CDs salvos (+ HP na Web e duração do redemoinho) aumentam com "dados de vida". Essas descrições não são qualificadas com "racial", então, literalmente, essas habilidades devem se beneficiar dos níveis de classe. Não sei se essa diferença é intencional ou apenas um descuido.

Para habilidades similares a magia, o CD de salvamento não é afetado pelo HD (ao invés disso, ele usa o nível da magia apropriada, similar a como as magias de baunilha são manipuladas). Alguns tipos de magia têm um CL fixo, caso contrário, CL = HD, aparentemente incluindo os níveis de classe.

A resistência à magia para drow é explicitamente declarada para progredir com nível de personagem, e para dragões com CR. A maioria das outras criaturas não tem nenhuma regra dada para aumentar a SR, então eu suponho que seja fixa, embora eu esteja inclinado a governar a casa de alguma progressão para estranhos e aberrações com níveis de classe.