Uma rápida leitura do wiki de Final Fantasy mostrou isso ...
The Deepground facility underneath Midgar was built the same time the Shinra Headquarters, in 1976 as a medical lab for wounded SOLDIER members, and to house Mako Reactor 0 to power the facility and the Shinra Building above it.
e isso ...
The combined force of Meteor and Holy crushing down on Midgar sealed the soldiers [Deepground] beneath the Shinra Tower, trapping them until their escape three years later.
Então, as forças e instalações do Deepground estavam debaixo de Midgar, e é onde eles estavam durante os eventos da FFVII. Enquanto não há nada que diga o que os indivíduos de Deepground estavam fazendo enquanto Sephiroth estava tendo sua fúria, e Cloud & Co estava salvando o mundo, é claro que eles estavam todos nas instalações do Deepground, abaixo do centro de Midgar, quando o Meteor / Holy aconteceu.