Acabei de entrar nos EUA sem controle de passaporte no aeroporto de Atlanta

Você passou Preclearância do CBP dos EUA em Toronto antes de embarcar no seu voo. Trata-se de imigração e alfândega dos EUA, com oficiais de imigração dos EUA estacionados em solo canadense e, a menos que algo incomum ocorra, significa que seu voo chega aos EUA da mesma maneira que um voo doméstico de EUA para EUA, sem necessidade de mais procedimentos para entrar no país.

Como você é portador da NEXUS, sua viagem pela imigração foi curta e simplificada, pois os EUA o consideram um viajante confiável, sem necessidade de consultar um oficial, a menos que você tenha algo a declarar ou seja selecionado para um exame mais aprofundado.

Quanto à sua segunda pergunta:

but how the hell did the security know if i already precleared at toronto airport and openned up the door to separate hallway ?

Todos no seu voo passaram por pré-liberação, porque isso fazia parte do processo antes que você pudesse chegar ao seu portão de embarque em Toronto. A equipe da companhia aérea em Atlanta sabia que você estava em um voo de pré-liberação e abriu as portas apropriadas para direcioná-lo ao saguão do aeroporto, em vez dos corredores seguros para a sala de imigração. Se você tivesse chegado aos EUA em um voo sem pré-autorização (digamos, um vôo de Londres), eles teriam garantido que seu único caminho era para o salão de imigração e você não seria capaz de deixar o aeroporto até sair através da imigração e costumes. Se a equipe da companhia aérea de alguma forma estragar tudo, pode haver multas substanciais para a companhia aérea e muitos problemas e inconvenientes para todos (como ocorreu durante este incidente em Chicago).