Se você fisicamente deixe os EUA em um avião com destino ao seu país de origem ou diretamente para o local em que você inicia estudos adicionais não tem nenhum significado para a decisão do visto.
Na sua aplicação, você precisa argumentar que será em seu próprio interesse egoísta para deixe os EUA após a visita que você propõe. Objetivamente, não há nada que o leve de volta ao seu país de origem com força suficiente para isso, como evidenciado pelo fato de que você planeja ir estudar por vários anos em outros lugares. Portanto, sua única esperança para o pedido de visto é argumentar que o programa de mestrado em que você ingressará é tão atraente que é uma escolha melhor para você do que ficar nos EUA como seria um imigrante sem documentos.
Isto não é bastante uma situação rotineira e seria difícil adivinhar suas chances. Mas jogar com seu itinerário físico não vai influenciá-lo.
.. com uma ressalva, a saber: se ir diretamente para sua nova casa significa que você viajar com muita bagagem que você teria saído de casa e atendido mais tarde, aquele pode fazer com que pareça na fronteira como se você pretendesse se mudar para os EUA definitivamente, o que significa problemas. Mas se você estiver viajando razoavelmente leve e levando a maioria dos seus pertences para o local onde estudará, não haverá nenhum problema em particular.