Não, um enxame não ameaça as criaturas, mesmo aquelas que está cobrindo, e por isso não causa flanqueamento.
Swarms do not threaten creatures in their square, and do not make attacks of opportunity with their swarm attack. However, they distract foes whose squares they occupy, as described below.
Flanking
When making a melee attack, you get a +2 flanking bonus if your opponent is threatened by a character or creature friendly to you on the opponent’s opposite border or opposite corner.
Não é ameaçador nem flanqueado.
Dito isto, note que isto é devido a ser um enxame, não porque é invocado. Todos os enxames não podem flanquear, e convocações não-swarm podem (geralmente; outras criaturas podem também ter exceções como enxames).
Finalmente, considerando que invocar o enxame não dá ao controle fino do lançador sobre o enxame, provavelmente foi uma má idéia de qualquer maneira. Evocar o aliado da natureza é muito melhor para flanquear e dar aos aliados um companheiro flanqueado é um dos melhores usos da convocação.